Não se conhece a data da construção da Capela de Santo António, mas a proximidade deste templo com a residência dos Condes, bem como o título de conde concedido no dia de Santo António, a 13 de Junho, colocam a hipótese de que tenha sido mandada construir, no final do século XVI e início do século XVII, pelos Condes de Alcoutim para templo privado.
Recebe em 2008 o remodelado Núcleo Museológico de Arte Sacra, com a exposição "Um olhar sobre as igrejas de Alcoutim".